厦门市中医院（北京中医药大学东直门医院厦门医院）创办于1956年，地处风景秀丽的厦门岛几何中心，是一家中医特色鲜明、综合实力突出的三级甲等综合性中医院，2022年获批国家区域医疗中心建设项目。医院由总院、南区、禾祥东门诊部组成，建筑面积17.9万平方米，编制床位1200张，开放床位1300张。2024年门急诊量232万人次、出院6.15万人次，获批厦门市应急医院。

医院在已公布的2022年国家公立三级中医院绩效考核中等级A级，全国排名第58位，福建省首位。是国家卫生健康委建立健全现代医院管理制度全国试点、福建省3家名优中医院建设单位之一、福建省省级文明单位。

医院为北京中医药大学第八临床医学院，福建中医药大学附属厦门中医院，厦门大学教学医院，厦门医学院教学医院；是国家药物临床试验机构，国家级博士后科研工作站，国家中医住院医师规范化培训基地，国家中医类别全科医师规范化培训基地，中华中医药学会中药临床药师培训基地。

现有肝病科、儿科2个国家卫生健康委临床重点专科，中医肝胆病学1个国家中医药管理局重点学科，肝病科、肛肠科、外科、儿科4个国家中医药管理局中医优势专科，肝病科、肛肠科、儿科、脾胃病科4个国家中医药管理局重点专科，骨伤科、风湿病科2个国家中医药管理局重点专科建设单位。脾胃病科、风湿病科、骨伤科、糖尿病科、针灸康复科5个福建省医疗“创双高”临床重点专科（中医类）建设项目。肝病科、肝胆外科、中西医结合胆胰专科、糖尿病科、中西医结合骨关节病、中医痔疮专科、中西医结合儿科、脾胃科、中药临床药学、中医护理、中医眼科、妇科、老年病科、乳腺科、心血管科、肾病科16个福建省重点专科。肛肠科、中西医结合儿科、肝病科3个厦门市医学领先学科。

现有职工1927人，高级卫生专业技术人员492人，硕、博士547人，享受国务院特殊津贴专家3人，博士生导师16人，硕士生导师93人，全国老中医药专家学术经验继承工作指导老师7人、继承人15人，全国中药特色人才10人。福建省名中医7人，福建省老中医药专家学术经验继承工作指导老师18人，继承人38人。建有6个国家级名老中医工作室，2个省级名老中医工作室，6个市级名老中医工作室，建有福建省学术流派传承建设项目“厦门康氏肝病学术流派传承工作室”。国家级学会主任委员1人（中华中医药学会中医外科分会）、国家级学会常委以上30人；省级学会主任委员6人(福建省中西医结合学会肛肠分会、福建省中医药学会儿科分会、福建省中医药学会美容分会、福建省中西医结合学会心脏康复分会、福建省中医药学会肝病分会、福建省中医药学会体质调理分会），省级学会常委以上33人。通过院士工作指导平台、名医工作室及“双主任制”等柔性引进人才方式，聘任了陈可冀院士、陈孝平院士、田金洲院士、中华中医药学会感染病分会主任委员谷晓红教授，国家中医药管理局热敏灸重点研究室主任陈日新教授等20余位顶级专家。

建有国家中医药管理局中医药防治传染病重点研究室，北京中医药大学肝病、儿科、中医外科3个IV级研究所，厦门市中西医结合肝胆疾病临床医学研究中心、盆底动力学重点实验室、肝病重点实验室、中药制剂研发与转化重点实验室、分子病理实验室等科研平台。建有I期临床试验研究室。中医肛肠、中医骨伤、中医心血管、中医脑血管、中医肝病、中医消化、中医妇科、中医儿科、中医呼吸、中医风湿免疫、中西医结合内分泌、中医肾病、感染性疾病科、肿瘤内科、老年病科、骨科、肝胆外科、泌尿外科、普通外科、乳腺外科、耳鼻喉科、麻醉科22个专业具备药物临床试验资质。

2008年成为国家中医药管理局中医药国际交流与合作基地，2017年获批国家中医药管理局对台中医培训交流基地建设项目，2022年成为国家中医药服务出口基地。累计有来自亚洲、欧美40余个国家和港澳台地区的外籍学者及华侨来医院进修学习。承办16届由国家中医药管理局和厦门市政府共同主办的两岸品牌会议——海峡两岸中医药发展与合作研讨会。举办海外中医适宜技术培训班累计90期，培训3500余人次，学员主要来自台湾、香港及马拉西亚、新加坡、菲律宾等东南亚国家，是中医药面向“一带一路”国家交流传播的重要窗口。