慢性咳嗽的病因相当复杂，除了少数与细菌感染有关的慢性咳嗽疾病外，单纯使用止咳药物或泛用抗生素效果不佳，甚至进一步加重病情。因此，只有明确慢性咳嗽的病因诊断，针对病因进行治疗才能取得肯定的疗效。欧美研究表明，鼻后滴漏综合症、咳嗽变型哮喘、胃食道反流性疾病是慢性咳嗽的常见病因，占所有慢性咳嗽病因的80-95%。广州呼研所最近完成的一项慢性咳嗽病因诊断研究表明，发现前5位的咳嗽病因分别是：嗜酸细胞性支气管炎(22%)、鼻后滴漏综合症(R/S)17%、咳嗽变异性哮喘(14%)、变应性咳嗽(12%)、胃食道反流(12%)，这些疾病占慢性咳嗽病因的77%，嗜酸细胞性支气管炎为慢性咳嗽首位病因，慢性支气管炎仅占5%，病因分布与国外有所不同。
  除了上述的五大慢性咳嗽原因外，还有一些少见原因亦需值得注意，这些疾病种类繁多，如非典型支气管扩张症、早期肺间质纤维化、早期支气管肺癌、支气管内膜结核、支气管微结石症、左心功能不全等。

     慢性咳嗽患者症状少，X线影像学甚至肺功能均无明显异常，诊断线索少，这是造成慢性咳嗽患者不能获得及时诊断的一个重要原因。从慢性咳嗽病因分布可以看出，慢性咳嗽不仅与呼吸系统疾病有关，还与鼻腔、胃食道疾病、心血管疾病有关，大约30-50%的慢性咳嗽患者系由鼻后滴漏综合症和胃食道反流引起。如果临床医生遇到咳嗽，只是想当然地与呼吸系统疾病联系起来，将极易被误诊误治。