厦门市中医院肛肠病专科创建于1956年，相继获厦门市医学重点学科、福建省中医重点专科、国家中医药管理局重点专科，为“十一五”国家中医药管理局重点专科肛肠协作组便秘协作分组副组长单位、肛瘘协作分组及功能性肛门直肠痛协作分组成员单位，获国家药物临床试验机构中医肛肠专业资质。专科于2015年11月获首批厦门市医学领先学科建设单位，2016年柔性引进中国中西医结合大肠肛门病专业委员会主任委员、博士生导师、医学博士任东林教授担任专科特聘主任。2016年7月授牌成立厦门市中医院肛肠病医院，为全省首家公立肛肠医院。目前编制病床120张，由2个独立病区（肛肠一科、肛肠二科）、肛肠专病门诊、专科手术室、福建省中医肛肠病重点研究室、耿学斯名医工作室及排便障碍性疾病综合诊疗平台等构成。为福建省中西医结合学会肛肠病学分主任委员委单位，福建省中医药学会肛肠分会副主委单位，福建中医药大学中西医结合临床博士点、中医外科学硕士点。专科多年来引领了福建省肛肠水平的进步和发展，为福建省领先的肛肠专科，区域外住院患者比例超过40%。
专科拥有一批优秀的专业人才，临床实践经验丰富，人才梯队结构合理，其中多人在国内、省内等相关肛肠专业学术组织担任主任委员、副主任委员、常务理事或青年委员，形成学科带头人、中青年业务骨干及青年专业人员结构合理的团队。现有教授、副教授3人，其中博士生导师2名，硕士研究生导师3名；主任医师5名，副主任医师4名，副主任护师3名，主治医师10名，住院医师1名，其中博士1名、硕士8名。全国中医肛肠病知名专家4名，厦门市优秀青年中医后备人才指导老师1名，国家名中医访问学者1名，厦门市优秀中青年中医后备人才4名。
专科设有肛管直肠测压室、生物反馈治疗室、肠镜室、B超室、结肠水疗室、便秘平台、中药熏洗室、中医综合治疗室、重症监护室等，拥有先进的加拿大盆底表面肌电评估及生物反馈系统、荷兰MMS高分辨3D固态及水灌注肛肠测压系统、三维腔内B超、结肠水疗仪、痔疮熏洗治疗仪、超声刀、呼吸机、多参数监护仪等专科设备，设备配置达到了国内同行业先进水平。开展的专科检查有：结肠运输试验，排粪造影，球囊逼出试验，肛管直肠测压，盆底表面肌电评估，肛瘘造影，电子肠镜，肛门直肠周围疾病MRI、CT及直肠腔内超声检查等。医院在继承中发展，在发展中创新，坚持突出中医特色，已形成五大研究方向，分别为：痔、瘘、裂等常见肛门疾病；便秘；炎症性肠病；结直肠肿瘤；肛肠杂病。医院在痔、肛裂、肛瘘、肛周脓肿、便秘等重点病种治疗方面中医专科特色和优势明显，开展了多种特色诊疗，如：次侧切术治疗Ⅲ期肛裂；切挂开窗引流辅助垫棉法治疗复杂性肛瘘；肛周坏死性筋膜炎、克罗恩肛周病的系列中医特色疗法；炎症性肠病的中医辨证施治及中药保留灌肠；针灸治疗功能性肠病和盆底疾病；盆底生物反馈治疗便秘、失禁等排便障碍性疾病及肛门直肠痛、术后肛门功能障碍；肛门及盆底疾病的微创手术；儿童肛肠疾病的诊治等。在功能性便秘的诊治中运用中医辨证施治、针灸、穴位埋线、生物反馈、结肠水疗、手术、健康宣教、心理疏导等系列方法，采用综合的治疗手段、个体化的治疗方案、规范化的疗程对功能性便秘患者进行系统治疗。专科开发研制10余种专科制剂，如痔清解胶囊、钟珀膏、一见喜软膏、痔疮熏洗液Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ号方、肛痛消软膏等，深受患者欢迎。
近几年先后主持国家自然科学基金、省自然科学基金项目和省卫生厅、省教育厅、市科技局、市卫计委课题等各类课题10多项，获科研经费近200万。在国家核心期刊、统计源期刊发表论文100多篇，副主编专著3部。
护理团队在祖国医学辨证论治、整体观的理论体系指导下，坚持“以病人为中心”、秉承“人文化护理、亲情化服务”的理念，深入开展优质护理，针对本专科的重点病种开展一系列具有专科特色的中医优质护理项目，努力为患者提供安全、优质、满意的护理服务。
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