北京中医药大学厦门医院针灸科是省级重点专科，于1956年由国家级著名针灸专家、厦门市中医院的首任院长陈应龙老先生建立。厦门市中医院针灸科雄厚的技术力量和人才梯队在闽南地区久负盛名。针灸科一区有主任医师1名，副主任医师3名，住院医师1名，博士后1名，硕士3名。
    科室成员始终遵循中医整体观辨证论治，继承陈老“带气行针”“子午补泻”等特色手法治疗中风及其它神经系统疾病，前科主任程绍鲁的“平刺滞针弹拨法”松解肌肉止痛治疗一系列颈肩腰腿痛症，穴位针刺埋线减肥降脂调控亚健康；同时积极开展各种特色中医治疗，如五行针灸、附子饼灸、隔姜灸、温针灸、热敏灸、穴位埋线、耳针、穴位贴敷、平衡罐、虎符铜砭刮痧等技术，广泛应用于神经系统、消化系统、运动系统疾病的治疗。
科室成员同时不断学习新技术、新知识，将中医针灸与现代卒中、脊髓损伤康复技术相结合，在王永炎院士“松”与“静”的理论指导下，运用“体用通和”的中医康复训练方法，结合现代Bobath、Brunnstrom、PNF等康复技术，很大程度提升康复疗效。同时大力发展吞咽及气切康复，提倡系统化吞咽障碍治疗及气切后呼吸道管理，有效降低卒中后肺部感染的机率，同时提高了鼻胃肠管及气切套管的拔管率。本病区还不断引进先进治疗设备，完善系统化康复评定。
    在教学科研方面，以张卫主任医师、博士后为主的团队，长期致力于卒中后抑郁与溃疡性结肠炎的研究工作，多次承担国家、省及市级科研项目及课题，在针灸中药结合治疗卒中后抑郁、焦虑，溃疡性结肠炎、肠易激综合症等方面均有独特见解和成果。科室成员发表多篇学术文章。教学方面，针灸科一区科主任张卫主任医师、科室中年骨干洪秀瑜副主任医师入选“第五批厦门市优秀中青年中医后备人才培养计划和学习计划”，其中张卫主任医师为指导老师，洪秀瑜副主任医师作为中医后备人才培养对象，致力于整理研究“陈应龙先生针灸临床经验及学术思想”相关工作。2018年张卫主任被评为厦门市中医师带徒专家及厦门市第二届中医专家下基层导师，为培育中医后备人才做出了贡献。

脐灸、督脉灸、盒子灸、虎符铜砭刮痧、平衡罐、五行针灸、穴位贴敷、腕踝针、药饼灸、温针灸、中药熏蒸、耳针、浮针等。